科研项目启动：高效文献综述方法与开源工具链实践 (V2024.12.01)

TL;DR: 本文档旨在提供一套结构化的文献综述写作方法与工具实践指南。重点涵盖PRISMA流程应用及Zotero等开源工具的集成，以提升综述的系统性、可复现性及效率。

版本: V2024.12.01

日期: 2024年12月01日

1. 前置条件 (Prerequisites)

PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses) 是系统性综述的标准报告指南。遵循此框架可确保综述的透明度和可复现性。以下是关键步骤及对应工具。

目标: 制定精确的检索式，覆盖所有相关文献。

关键词识别: 基于研究问题 (PICO: Population, Intervention, Comparison, Outcome) 确定核心关键词及其同义词。
数据库选择: 选择至少3-5个相关领域的文献数据库。
检索式构建: 使用布尔逻辑 (AND, OR, NOT) 组合关键词。不同数据库语法可能存在差异 (PubMed检索教程)。
"keyword A" AND ("keyword B" OR "keyword C") NOT "keyword D"
示例 (PubMed):
"Deep Learning"[MeSH Terms] AND "Medical Imaging"[MeSH Terms] AND ("Diagnosis"[Subheading] OR "Prognosis"[Subheading])
检索执行与导出: 在各数据库执行检索，并将结果导出为.ris或.csv格式。

Note: 建议记录每个数据库的检索日期、检索式及检索结果数量。

目标: 移除重复文献，并根据纳入/排除标准筛选相关文献。

导入Zotero: 将所有导出的文献文件导入Zotero。

步骤:
1. 在Zotero中新建一个“文集” (Collection)，命名为“原始检索结果”。
2. 点击“文件” -> “导入” -> 选择您的.ris或.csv文件。
自动去重: Zotero内置的去重功能。

步骤:
1. 在Zotero左侧导航栏，点击“重复项目” (Duplicate Items)。
2. Zotero会自动识别重复项。手动检查并合并，直至“重复项目”列表为空。
Warning: Zotero的去重并非100%准确，需人工复核。
初筛 (标题和摘要): 基于纳入/排除标准，由至少两名评审员独立进行。

工具: Zotero的标签功能可用于标记“纳入”、“排除”或“待定”。

步骤:
1. 为Zotero中的每篇文献添加“纳入”、“排除”或“讨论”等标签。
2. 通过标签过滤，统计初筛结果。
精筛 (全文阅读): 对初筛后的文献进行全文阅读，再次判断是否符合纳入标准。

工具: Zotero的附件功能 (Attach PDF) 与PDF阅读器批注功能可辅助审阅。

步骤:
1. 将PDF附件添加到Zotero文献条目中。
2. 右键点击Zotero中的文献条目，选择“在新标签页中打开PDF”，进行全文审阅和批注。

目标: 从纳入的文献中系统地提取关键信息，并进行归纳总结。

数据提取模板设计: 根据研究问题设计结构化数据提取表格 (例如：MS Excel或Google Sheets)。

包含字段示例: 作者、年份、研究目的、样本量、方法、主要发现、研究局限性。
数据提取: 由独立评审员执行数据提取，并交叉核对。
数据合成与归纳: 根据提取数据，识别模式、趋势、冲突或知识空白，形成综述的论点结构。

工具: 文本编辑器 (Typora或Obsidian) 进行初步撰写和概念图绘制。

Note: 可使用思维导图工具 (如 XMind) 协助梳理结构。

完成上述步骤后，对照PRISMA清单 (可通过搜索“PRISMA checklist”获取最新版本) 检查报告的完整性。确保所有环节均有详细记录，且结论能够追溯到原始数据。例如，验证PRISMA流程图 (PRISMA flow diagram) 中各阶段的文献数量是否准确。